În acest context, misiunea centrului a devenit tot mai importantă, ajungând să inițieze și coordoneze cercetarea comună și programul de studiu dintre cele două entități, punând bazele unui program postuniversitar de Apărare și Studii de Securitate. Programul a fost creat special pentru cadrele militare care urmau să participe în misiuni de menținere a păcii pe tot mapamondul. Cursul s-a bucurat de prezența a peste 70 de cadre militare care au mai departe cunoștiințele dobândite în Afghanistan, Burundi, Kenya, Coasta de Fildeș etc. Acest program a pus bazele a ceea ce, ulterior, a devenit programul de masterat internațional în managementul conflictelor.

O direcție specială de studiu a reprezentat-o mereu pregătirea și  cercetare în domeniul metodelor alternative de rezolvare a conflictelor, astfel că membrii centrului au fost implicați în procesul de elaborare a legilor medierii în România și au oferit primul program de formare inițială de mediatori din țară. Astăzi, majoritatea membrilor centrului sunt mediatori autorizați, recunoscuți la nivel național și internațional. De asemenea, centrul are diverși colaboratori externi cu scopul de a-și îmbunătăți mereu oferta educațională și aria de cercetare.

Una dintre cele mai mari realizări a fost fondarea programului de masterat internațional Analiza și Managementul Conflictelor (pe atunci Managementul Crizelor și Conflictelor), în toamna anului 2005.  Acesta este un program internațional, integral cu predare în limba engleză, care beneficiază de numeroase colaborări cu cadre didactive și practicieni de primă clasă din Statele Unite, Europa și Australia. Pentru a crește și mai mult acest lucru, centrul și-a extins colaborările și în Africa și Asia, prin programe comune de cercetare, programe de mobilitate pentru cadre didactive și multe altele.